Desde 1754 que o Padre Ângelo Sequeira, brasileiro e fundador da Irmandade pregava pela cidade do Porto com a intenção de construir uma capela em honra de N.ª Sª. da Lapa.
Recebendo em 1755 uma bula do Santo Padre Bento XIV e com o montante das esmolas dos fiéis que entretanto havia amealhado deu início à construção da dita capela.
Cerca de dois anos mais tarde a administração da irmandade decidiu construir uma nova igreja em substituição da capela.
Esta nova construção passaria por inúmeras vicissitudes dentre as quais a falta de recursos financeiros e as Invasões Francesas.
Teriam passado mais de cem anos até que a obra tivesse sido dada como concluída.
Existe na capela mor um monumento que alberga o coração de D. Pedro IV, doado à cidade pelo monarca em 1835 e ali conservado desde 1837.
Em 1995 foi adquirido um Orgão de Tubos que se tornou o ex-libris da irmandade. É um dos melhores e mais bonitos da Península Ibérica e tem proporcionado à cidade vários e excelentes concertos.